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The BLUEREVOLUTION project is developing in-situ/embedded/field methods based on holographic microscopy and 3D-fluorescence imaging combined with automatic taxonomic classification tools (Artificial Intelligence) for high-throughput analysis. This will enable the generation of quantitative, genetic and functional data on benthic communities at rates never before seen.

So, we are hiring a person for a work placement  :  general engineer or biologist.

Alternance – Ingénieur.e généraliste ou biologiste
Structure d'accueil :
- Département : Ressources physiques et Écosystèmes de fond de Mer (REM)
- Unité de recherche : Biologie et Ecologie des Ecosystèmes marins Profonds (BEEP)
- Laboratoire Environnement Profond (LEP)
Localisation : Brest, Finistère, FR
Durée du contrat : 1 ou 2 ans
Date de clôture de réception de candidatures : 08/05/22
L’Ifremer
Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.
Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.
Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.
Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Mer (MinMer), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).
Présentation de la structure d’accueil
Les écosystèmes marins profonds recèlent une forte diversité biologique liée à la variabilité des environnements benthiques. La biodiversité et la dynamique de ces écosystèmes à l’état naturel sont encore bien mal connues, pourtant ils font l’objet d’un intérêt croissant pour l’exploitation des ressources naturelles qu’ils abritent. C’est pourquoi l’Unité Biologie et Ecologie des Ecosystèmes marins Profonds (BEEP) développe des projets de recherche destinés à acquérir des connaissances sur la biodiversité et le fonctionnement de ces écosystèmes afin de contribuer à proposer des solutions pour une exploitation responsable des ressources qu’ils abritent.
Description de l'offre
Les communautés benthiques de la méiofaune (animaux vivant dans les sédiments) comprennent certains des groupes d'organismes les plus divers sur Terre, il n'est donc pas surprenant que seule une faible part de cette diversité ait été décrite par la science et que notre connaissance de leur biologie et de leur écologie reste encore très fragmentaire.
Confrontée à l'augmentation rapide des pressions anthropiques sur les écosystèmes marins, la communauté scientifique fait face au besoin croissant d'évaluations d'impact rapides et précises sur ces milieux. Les organismes benthiques de la méiofaune sont sans aucun doute les meilleurs bio-indicateurs marins disponibles pour évaluer les changements environnementaux. En effet ils ont été utilisés avec succès dans un grand nombre d'études comme indicateurs écologiques et sentinelles de la santé des écosystèmes.
Le projet BLUEREVOLUTION (https://wwz.ifremer.fr/bluerevolution/) développe des méthodes in-situ/embarquées/de terrain basées sur la microscopie holographique et l’imagerie 3D-fluorescence associées à des outils de classification taxonomique automatique (Intelligence Artificielle) pour une analyse à haut débit. Cela permettra la génération de données quantitatives, génétiques et fonctionnelles des communautés benthiques à des vitesses jamais vues auparavant.
Activités principales
L’alternant.e se concentrera sur le prototypage d’un outil mécanique d’extraction de la méiofaune applicable in situ. Il s'agira de développer un prototype en laboratoire qui permettra le pompage du sédiment, sa dilution et la séparation de la méiofaune afin de l’observer ensuite via un système d’imagerie en flux. Ce prototype sera enfin testé en laboratoire puis in situ.
Missions principales :
- Montage de circuit fluidique/hydraulique (utilisation de vannes, tuyaux, pistons, seringues, pompes),
- Séparations, dilutions, décantations,
- Injection dans un système d’imagerie en flux (qui est déjà développé)
- Utilisation du système d’imagerie en flux,
- Validation de la méthode de séparation par comparaison avec la méthode existante : comptage sous binoculaire, statistiques associées.
Champs relationnel
Encadrants : Catherine Borremans (Ifremer - BEEP) et Valentin Foulon (ENIB - Lab-STICC)
Collaboration : Ifremer - RDT (Justin Rouxel et Olivier Fauvarque) et équipe instrumentation BEEP
Profil recherché
Ingénieur.e généraliste (avec composante hydraulique/fluidique appréciée) avec intérêt pour les sciences environnementales
OU
Ingénieur.e biologiste avec intérêt pour les développements techniques
Compétences techniques / métiers :
- Intérêt pour l’écologie marine
- Compétences technologiques (mécanique, fluidique, hydraulique, automatisme)
- Connaissances en (micro/méio)faune benthique appréciées
- Compétences en traitement statistique des données
Qualités personnelles :
- Rigueur et méthode
- Goût de l’innovation dans les méthodes d’études
- Capacité d’analyse
- Autonomie et esprit d’initiative
- Goût pour le travail en équipe
Conditions de travail
Formation en alternance (taux d’activité : temps plein)
Pour postuler
Les candidatures (CV et lettre de motivation) sont à envoyer à : Catherine.Borremans@ifremer.fr et Valentine.Foulquier@ifremer.fr
Date de clôture de réception de candidatures : 08/05/22.
Les entretiens seront organisés entre le 16 et le 20 mai.